W Klinice Pneumonologii i Mukowiscydozy przebywają dzieci diagnozowane i leczone z powodu:

W Klinice działają 2 oddziały oraz Pracownia Bronchologiczna do zadań, której należy prowadzenie działalności naukowo-badawczej w zakresie bronchologii dziecięcej oraz działalności diagnostyczno-leczniczej dla potrzeb klinik i oddziałów a także szkolenia lekarzy w zakresie bronchologii dziecięcej.

Za niewielką opłatą istnieje możliwość całodobowego pobytu w Klinice matki lub ojca (opiekuna) razem z dzieckiem.

W szczególnych przypadkach możliwe jest leczenie również pacjentów, którzy ukończyli 18 rok życia.

W Klinice wykonywane są unikalne zabiegi endoskopowe przy użyciu techniki bronchoskopii "sztywnej" o bronchofiberoskopii, w tym płukanie oskrzelikowo-pęcherzykowe (BAL) i biopsja oskrzeli i tkanki płucnej. Klinika posiada aparaturę do oceny podstawowych wskaźników czynności płuc (spirometr) oraz aparat do pomiaru własności mechanicznych układu oddechowego metodą oscylacji wymuszonych (PULMOSFOR), ponadto istnieje pełna dostępność do badań diagnostycznych w pracowniach Instytutu.

Działalność naukowa Kliniki ma na celu poznanie patogenezy chorób oskrzeli i płuc oraz wypracowanie nowoczesnych metod leczniczych. Wyniki badań są publikowane w czasopismach o zasięgu krajowym i międzynarodowym. Pracownicy Kliniki są współautorami wielu podręczników chorób dziecięcych i chorób narządu oddechowego.

Pracownicy Kliniki prowadzą szkolenie podyplomowe lekarzy w zakresie pneumonologii dziecięcej i bronchologii w ramach kursów organizowanych przez CMKP oraz staży indywidualnych.

Na terenie Instytutu mieści się siedziba Zarządu Głównego Polskiego Towarzystwa Walki z Mukowiscydozą.